Prvýkrát bola letka 13 nasadená na východnom fonte na začiatku ťaženia proti Sovietskému zväzu v júni 1941. Dňa 25.6.1941 sa presunula na východoslovenské letisko Kamenica nad Cirochou, kde zabezpečovala ochranu letísk, ako aj vykladacích priestorov pozemných jednotiek v Prešove a Humennom. Po dokončení príprav vyrazili 2.7.1941 dve divízie slovenskej armády cez hranice, aby tak nasledovali Rýchlu skupinu (neskôr premenovanú na Rýchlu brigádu a nakoniec v auguste 1941 na Rýchlu divíziu), ktorá prekročila hranice už 23.6.1941. Letka 13 s pozemným sledom prekročila hranice 3.7.1941, kedy sa presunula na letisko Sambor. Počas tohto nasadenia vystriedala niekoľko letísk v Haliči a na Ukrajine. Hlavnou úlohou bola spolupráca s pozemnou armádou a ochrana nemeckých prieskumných lietadiel. Klesajúci počet bojaschopných lietadiel v dôsledku zhoršujúceho sa technického stavu, nedostatok náhradných dielov a problémy so zásobovaním spôsobili, že letecké jednotky Vzdušných zbraní boli postupne z východneho frontu sťahované späť na Slovensko. Letke 13 zostalo z pôvodných trinástich strojov po niekoľkých týždňoch len sedem bojaschopných lietadiel. Začiatkom septembra 1941 ukončila letka bojovú činnosť a zostala na letisku Tulczyn. Jej letecký sled odletel na Slovensko 15.9.1941. Počas prvého nasadenia na východnom fronte vykonala letka 13 celkom 349 letov, z toho 220 bojových. Počas tohto nasadenia sa letci letky 13 nedostali do leteckého súboja a nepripísali si žiadny zostrel.
